1964 Balıkesir doğumlu, Balıkesir İmam Hatip Lisesi (1982) ve Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi (1986) mezunudur. Marmara Üniversitesinde yüksek lisans (1988) ve doktorasını (17 Ocak 1994) tamamlamış olup, 1986-1992 yılları arasında Türkiye Diyanet Vakfına bağlı İslam Araştırmaları Merkezinde (İSAM) çalışmıştır.

1992 yılında Selçuk Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nde araştırma görevlisi olarak göreve başlamıştır. Bir müddet araştırmalarda bulunmak üzere Mısır’da bulunmuştur (Ocak-Haziran, 1994). 18 Mart 1996 tarihinde yardımcı doçent, 1997 yılında doçent, 27 Mart 2003’te de Profesör olmuştur. 1999-2002 yılları arasında Bakü Devlet Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nde üç yıl süreli olarak dekan yardımcısı ve öğretim üyesi olarak görev yapmıştır. Buradaki çalışmaları sebebiyle Azerbaycan Millî Eğitim Bakanlığı Eğitim şurasınca Faxr-ı Ferman’la ödüllendirilmiştir. 2003-2006 yılları arasında Selçuk Üniversitesi senatosunda Fakülte temsilcisi olarak görev almıştır. 

Prof. Dr. Saffet Köse, evlenmek isteyen ancak maddi imkânsızlıklar nedeniyle evlenemeyen gençleri evlendirmek amacıyla kurulan ve bugüne kadar binlerce gencin evlendirildiği “Gençleri Evlendirme ve Mehir Vakfı” mütevelli heyeti başkan vekilliği görevini sürdürmekte, İlahiyat Fakültesi Vakfının kurucuları arasında yer almakta ve halen bu vakıfta üyeliği devam etmektedir. Prof. Dr. Köse, 2013 – 2019 yılları arasında İzmir Kâtip Çelebi Üniversitesi İslami İlimler Fakültesi Dekanlığı yapmış; 09.04.2018 tarihinde Cumhurbaşkanımız Sayın Recep Tayyip Erdoğan tarafından İzmir Kâtip Çelebi Üniversitesi rektörlüğüne atanmıştır. İngilizce ve Arapça bilmektedir.